按剂型可分为:液体、粉剂、颗粒型;
按内含的微生物种类或功能特性可分:为根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等。
按照复合方式分为:微生物菌剂和复合微生物菌剂(JT微生物菌剂
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